Церковь-маяк построили по благословению Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Основными меценатами были: депутат Государственной Думы Александр Лебедев, российский Национальный резервный банк, банк «НРБ-Украина» и пансионат «Море». Общий бюджет проекта составил 5 млн.долларов, при первоначальном бюджете в 3,5 млн.долларов.
Задолго до начала строительства геологи долго искали место для постройки, так как храм-маяк должен стоять на берегу, а юго-восточное побережье Крыма подвержено частым оползням. Первый камень строительства был заложен в октябре 2004 года. Работы по проектированию и строительству проводились в рекордно короткие сроки. Уже в середине 2006 года строительство храма было завершено, а 15 мая 2007 года храм-маяк был торжественно освящен. Церемонию освящения храма совершил митрополит Киевский, Предстоятель УПЦ Владимир (Сабодан).
По своей высоте храм-маяк в Малореченском не имеет аналогов в Крыму. Общая высота храма составляет по разным оценкам до 65 метров. На всех четырех фасадах храма в форму огромного креста вписаны изображения святых. Высота каждого панно 15 метров, а площадь 60 кв. м. Восточную часть храма украшает изображение Святителя Николая, а остальные три части фасада украшены изображениями Богоматери: Афонской Божией Матери, «Знамение» и Покрова Богородицы. В оформлении использованы корабельные якоря и якорные цепи.
Отметим, что маяк — действующий, поддерживается в рабочем состоянии. Под главным крестом храма, внутри позолоченного шара, который символизирует планету Земля, установлен маячный фонарь. Среди туристов популярна версия, что это единственный храм-маяк в Крыму, однако Форосская Церковь также может играть роль маяка. Но несмотря на технические возможности, данные объекты не были внесены в лоции Черного моря.