Великое освящение воды по церковному уставу совершается дважды: в день навечерия (Крещенского сочельника) и в сам день праздника, в соединении с Божественной литургией. Вопреки распространенному заблуждению, нет никакой разницы в «благодатной силе» между водой, освященной в тот или другой день. Во-первых, вода освящается по одному и тому же литургическому чину. Во-вторых, изначально освящение воды совершалось именно накануне праздника, о чем свидетельствует святой Иоанн Златоуст, а также Типикон. Двукратное освящение воды вошло в практику Православной Церкви после XII века.
После заамвонной молитвы духовенство выходит из алтаря к приготовленным сосудам с водой или, если освящение совершается вне храма, с крестным ходом направляется к водоему, где будет совершаться освящение. Хор или народ поет стихиры (особые песнопения) «Глас Господень на водах вопиет…». Совершается каждение, что символизирует всеобщую молитву, которую возносит Церковь к престолу Божию (см. Откр. 8: 3). После окончания пения стихир читается три паремии (отрывка) из книги пророка Исаии, в которых возвещается пришествие Господа на землю и обилие благодатных даров, даруемых человеку. Затем следует прокимен «Господь — Просвещение мое и Спаситель Мой, кого убоюся», чтение из Первого послания святого апостола Павла к Коринфянам (10: 1-4) и чтение Евангелия от Марка (1: 9-11), в котором повествуется о Крещении Спасителя.
Далее диакон читает Великую ектению с особыми прошениями о «еже освятитися водам сим силою и действием и наитием Святого Духа», о даровании воде «благословения Иорданова», о даровании ей благодати «к исцелению душевных и телесных немощей», «в отгнание всякого навета видимых и невидимых врагов», к «освящению домов и на всякую пользу». По окончании ектении священник во всеуслышание читает молитву «Велий еси Господи и чудна дела Твоя». Знаменательно, что как некоторые прощения из ектении, так и текст самой молитвы до слов «Ты убо, Человеколюбче Царю, прииди и ныне наитием Святаго Твоего Духа, и освяти воду сию», являются идентичными соответствующим прошениям и молитве из чинопоследования крещения.
Это свидетельствует о том, что таинство крещения и чин Богоявленского освящения воды имеют генетическую связь, а сама молитва Богоявленского освящения воды является позднейшей переработкой молитвы из чина таинства крещения. После окончания молитвы священник трижды погружает в воду крест с пением тропаря «Во Иордане крещающуся Тебе Господи…» и после этого окропляет святой водой народ. По окончании кропления хор поет стихиру «Воспоим, вернии, еже о нас Божия благодеяния величество… Почерпем убо воду с веселием братие: благодать бо Духа верно почерпающим невидимо подавается от Христа Бога, и Спаса душ наших».
